天才外科医生朝田龙太郎（坂口宪二）曾在MSAP（万人医疗团）领导世界最高水平救命医疗队（俗称医龙）。龙太郎回国后，因背叛教授命令在现场逗留而被诊疗部门解雇了，也没有医院雇用他，现在在海边的偏僻的乡村胡乱生活。 　　4年前，朝田在战场上进行的诊疗时，明真大学附属医院心脏外科的教授加藤晶（稻森泉）曾亲眼见其高超的医术。具有野心的副教授加藤晶为了发表需要最高技术的“bachisuta手术”的论文升为教授，邀请朝田来到明真大学作手术的准备。在与大学医院的秩序的反抗的过程中,朝田逐渐影响了的忠诚老实的进修医生伊集院登（小池彻平）。过去曾对朝田怀有激烈的憎恶的竞争对手另一大医院心外科副教授雾岛军司（北村一辉）现在是加藤的恋人，加藤并不知道他们间的事情，希望两人都能顺利当上教授。朝田身边一直有位护士村原美崎（水川亚美）跟随着他，她比普通的医生更出色,她与雾岛军司其实是异母兄妹，但对哥哥的作法很反感，而不愿见他。“bachisuta手术”需要一只配合熟练的队伍，在这所腐朽的医院中，朝田发现几位医生特别让他注意，平素不穿白衣，由于吸麻药而迷迷糊糊的天才的麻醉医生荒濑（阿部隆史）。一位优秀的内科医生,过度关心患者的藤吉圭介（佐佐木藏之介）。 　　加藤的上司野口贤雄教授（岸部一徳）并不欣赏朝田，只是要利用朝田与加藤来升职，所以一边同意加藤的计划，一边观望。而急诊室的教授鬼头笙儿（夏树马里）却想要把朝田挖来ER。 　　在“bachisuta手术”的准备期间，朝田用自己的医术救了多人的生命，并让大家对他的医术和为人产生信任。“bachisuta手术”小组建成，第一次的手术即将开始。主刀：朝田龙太郎，第一助手：加藤晶，第二助手：伊集院登，内科医生：藤吉圭介，护士：村原美崎。在全院的观注下，手术成功完成，就在准备召开发表会时，雾岛军司抢先召开自己已经完成日本第一次的“bachisuta手术”的记者会，惊讶无比的加藤这时才认识真正的雾岛…… 　　朝田龙太郎并未被这一事所打倒，他要向手术中更重要的准确确认病症部位这一方向继续努力。一直处于旁观的麻醉师荒濑在朝田救了对他来说最重要的人后，开始振作加入医龙小组。与此同时，野口教授邀请雾岛加入明真大学并推荐他为教授，加藤晶将被调去外地。医龙小组出现解散的危机…… 　　雾岛从原来任职的医院转来一位需要做“bachisuta手术”的病人，这位病人仅6个月，心脏等器官又与常人相反，这样的手术基本上是无法成功的，野口教授坚决反对给这位小病人做手术。对朝田来说，最痛苦的就是看着病人自己却无能为力，面对这位特殊的小病人和痛苦的家人，医龙小组在教授们开会讨论教授人选的时候，以紧急情况为由开始手术……